BEDOPS v2.4.36
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6.2.1.
bedmap
6.3.1. Sorting
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6. Reference
6.3. File management
ΒΆ
6.3.1. Sorting
6.3.1.1.
sort-bed
6.3.1.1.1. Migrating older BED and Starch files
6.3.1.1.2. Inputs and outputs
6.3.1.1.2.1. Input
6.3.1.1.2.2. Output
6.3.1.1.3. Usage
6.3.2. Compression
6.3.2.1.
starch
6.3.2.1.1. Inputs and outputs
6.3.2.1.1.1. Input
6.3.2.1.1.2. Output
6.3.2.1.2. Requirements
6.3.2.1.3. Usage
6.3.2.1.4. Options
6.3.2.1.4.1. Backend compression type
6.3.2.1.4.2. Note
6.3.2.1.4.3. Per-chromosome data integrity signature
6.3.2.1.4.4. Compression progress
6.3.2.1.4.5. Headers
6.3.2.1.4.6. Unique tag
6.3.2.1.5. Example
6.3.2.2.
unstarch
6.3.2.2.1. Inputs and outputs
6.3.2.2.1.1. Input
6.3.2.2.1.2. Output
6.3.2.2.2. Requirements
6.3.2.2.3. Usage
6.3.2.2.3.1. Extraction
6.3.2.2.3.2. Archive attributes
6.3.2.2.3.2.1. Metadata
6.3.2.2.3.2.2. Note
6.3.2.2.3.2.3. Timestamp
6.3.2.2.3.2.4. Compression type
6.3.2.2.3.2.5. Version
6.3.2.2.3.3. Whole-file or per-chromosome attributes
6.3.2.2.3.3.1. Data integrity
6.3.2.2.3.3.2. Elements
6.3.2.2.3.3.3. Bases
6.3.2.2.3.3.4. Duplicate element(s)
6.3.2.2.3.3.5. Nested element(s)
6.3.2.2.4. Example
6.3.2.3.
starchcat
6.3.2.3.1. Parallelization
6.3.2.3.2. Inputs and outputs
6.3.2.3.2.1. Input
6.3.2.3.2.2. Output
6.3.2.3.3. Usage
6.3.2.3.3.1. Per-chromosome data integrity signature
6.3.2.3.3.2. Example
6.3.2.4. Starch (v2.x) specification
6.3.2.4.1. Archive structure
6.3.2.4.2. Magic bytes
6.3.2.4.3. Chromosome streams
6.3.2.4.4. Metadata
6.3.2.4.4.1. Data
6.3.2.4.4.1.1. Archive
6.3.2.4.4.1.2. Streams
6.3.2.4.4.2. Offset
6.3.2.4.4.3. Hash
6.3.2.4.5. Padding
6.3.2.5.
starch-diff
6.3.2.5.1. Inputs and outputs
6.3.2.5.1.1. Input
6.3.2.5.1.2. Output
6.3.2.5.2. Requirements
6.3.2.5.3. Usage
6.3.3. Data conversion
6.3.3.1.
convert2bed
6.3.3.1.1. Dependencies
6.3.3.1.2. Source
6.3.3.1.3. Usage
6.3.3.1.4. Example
6.3.3.2.
bam2bed
6.3.3.2.1. Dependencies
6.3.3.2.2. Source
6.3.3.2.3. Usage
6.3.3.2.4. Example
6.3.3.2.5. Column mapping
6.3.3.2.6. Downloads
6.3.3.3. Parallel
bam2bed
6.3.3.3.1. Dependencies
6.3.3.3.2. Source
6.3.3.3.3. Usage
6.3.3.4. Parallel
bam2starch
6.3.3.4.1. Dependencies
6.3.3.4.2. Source
6.3.3.4.3. Usage
6.3.3.5.
gff2bed
6.3.3.5.1. Dependencies
6.3.3.5.2. Source
6.3.3.5.3. Usage
6.3.3.5.4. Example
6.3.3.5.5. Column mapping
6.3.3.5.6. Downloads
6.3.3.6.
gtf2bed
6.3.3.6.1. Dependencies
6.3.3.6.2. Source
6.3.3.6.3. Usage
6.3.3.6.4. Example
6.3.3.6.5. Column mapping
6.3.3.6.6. Downloads
6.3.3.7.
gvf2bed
6.3.3.7.1. Dependencies
6.3.3.7.2. Source
6.3.3.7.3. Usage
6.3.3.7.4. Example
6.3.3.7.5. Column mapping
6.3.3.7.6. Downloads
6.3.3.8.
psl2bed
6.3.3.8.1. Dependencies
6.3.3.8.2. Source
6.3.3.8.3. Usage
6.3.3.8.4. Example
6.3.3.8.5. Column mapping
6.3.3.8.6. Downloads
6.3.3.9.
rmsk2bed
6.3.3.9.1. Dependencies
6.3.3.9.2. Source
6.3.3.9.3. Usage
6.3.3.9.4. Example
6.3.3.9.5. Column mapping
6.3.3.9.6. Downloads
6.3.3.10.
sam2bed
6.3.3.10.1. Dependencies
6.3.3.10.2. Source
6.3.3.10.3. Usage
6.3.3.10.4. Example
6.3.3.10.5. Column mapping
6.3.3.10.6. Downloads
6.3.3.11.
vcf2bed
6.3.3.11.1. Dependencies
6.3.3.11.2. Source
6.3.3.11.3. Usage
6.3.3.11.4. Customized variant handling
6.3.3.11.5. Example
6.3.3.11.6. Column mapping
6.3.3.11.7. Downloads
6.3.3.12.
wig2bed
6.3.3.12.1. Source
6.3.3.12.2. Usage
6.3.3.12.3. Example
6.3.3.12.4. Downloads
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